En 1989, AGAPES ouvre le Caveau de “La Rose des Vins” à Lyon et entame ainsi une histoire musicale qui va, au fil des années, clairement privilégier le Jazz et les Musiques Improvisées. Après une période d’intense programmation (3 concerts par semaine) sans aide publique, le caveau de la Rose des Vins cesse son activité en 1992. En 1995, AGAPES va contribuer à la rénovation de “l’Elysée” salle de cinéma du quartier Guillotière avec l’aide de la Ville et de la Drac. L’association prolonge son activité de diffusion du jazz contemporain par une politique de création et de résidences d’artistes. Cependant l’Elysée s’oriente vers une programmation essentiellement théâtrale et devant la difficulté de programmer régulièrement des concerts, AGAPES quitte la salle courant 2001 pour entamer une période d’itinérance dans différentes salles du 1er arrondissement de Lyon. C’est ainsi qu’elle renforce son activité de production: création d’un Réseau de musiciens, tournées nationales et internationales, production de disques. Elle a mené également une action artistique en milieu rural en créant en Beaujolais un festival de musiques de rues (Morgon en fanfares). Depuis octobre 2003, sous l’impulsion de la Ville de Lyon, AGAPES s’installe Salle Genton, gérée par la MJC Laennec Mermoz. En 2006 elle intègre le dispositif « Scènes Découvertes » initié par la Ville de Lyon et la Drac. Elle est membre de la Fédération des Scènes de Jazz et de Musiques Improvisées (FSJ) depuis l’année 2000.

En 2009 les responsables de la MJC, considérant  que la politique artistique d’AGAPES, trop audacieuse,  n’est pas en adéquation avec la politique socio-culturelle de l’établissement, ne soutiennent pas un nouveau projet de convention avec la Ville de Lyon. AGAPES quitte la salle fin mai 2009 après le « petit festival des gros orchestres » que l’association avait organisée avec succès.
En 2010, après avoir organisé une soirée manifestive à l’amphithéâtre de l’Opéra de Lyon avec le concours d’une soixantaine de musiciens (« Manifestagapes »), AGAPES opère un rapprochement avec  « Le Périscope » et  programme, entre autre, dans cette salle dont les choix artistiques sont voisins des siens.